高欢、高洋父子，推翻东魏，建立了北齐。定晋阳为别都，并在天保年间在晋祠大起楼观，穿筑池塘。北齐后主高伟，崇信佛教，于天保五年（公元569年）曾下诏把晋祠改名为大崇皇帝。 隋末，太原留守李渊与其子李世民起兵太原，建立了大唐王朝。唐太宗李世民于贞观廿年（公元646年）故地重游，亲撰《晋祠之铭并序》大碑一通。 宋仁宗赵祯于天圣年间（1023——1031年），追封唐叔虞为汾东王，并为叔虞之母邑姜，修建了规模宏大的圣母殿。重建了鱼沼飞梁，祠区布局，大为改观。元佑、绍圣年间，由善男信女募集资金，铸靠造铁人，筑莲花台以壮威仪。金大定八年，更在飞梁大东，增建献殿，专为圣母子贡献祭品。明万历年间，在献殿前增建对越坊和钟鼓楼。接着又在会仙桥的东面，重修了华丽的水镜台供演戏之用。
